Po powrocie do Gdańska w 1634 roku urządził na dachach swych trzech domów przy ulicy Korzennej 53, 54 i 55 duże obserwatorium astronomiczne, które wyposażył we własnoręcznie skonstruowane zegary, lunety, teleskopy, sekstanty i inne instrumenty.
Wcześniej, rozpoczynając swoją miejska karierę Jan został przedstawicielem parafii św. Katarzyny, w 1641 zaś — ławnikiem swojej dzielnicy, Starego Miasta. Natomiast w 1651 roku, gdy był już znanym astronomem stał się dożywotnim członkiem Rady Miejskiej, jednym z pięciu rajców Starego Miasta.
We wrześniu 1679 roku Heweliusza dotknęło nieszczęście. Gdy przebywał w swojej wiejskiej posiadłości pożar strawił jego domy wraz z obserwatorium, instrumentami i zgromadzonymi woluminami swoich dzieł. Liczący sobie wówczas 68 lat Heweliusz, rozpoczął odbudowę domów i obserwatorium. Prace te trwały kilka lat, ale od 1682 roku astronom prowadził już systematyczne obserwacje.
Wyniki swych studiów i obserwacji drukował Heweliusz w swojej własnej drukarni. Heweliusz był autorem około 20 wielkich dzieł, m. in. topografii Księżyca, historii astronomii ze szczegółowym opisem swych przyrządów, historii komet oraz kilku tomów codziennych obserwacji. Ostatnie wydane w 1690 roku dzieło zawierało wspaniały atlas 54 gwiazdozbiorów, wśród których było 12 konstelacji po raz pierwszy opisanych przez Heweliusza. Jedną z nich był gwiazdozbiór składający się z 7 gwiazd, nazwany przez niego “Tarczą Sobieskiego” na cześć jego królewskiego mecenasa Jana III. Działalność i osiągnięcia naukowe wzbudzały podziw w ówczesnych środowiskach uczonych. W 1664 roku został członkiem Royal Society w Londynie.
Gdańskie obserwatorium odwiedzali królowie polscy Jan Kazimierz i Jan III Sobieski, którzy wspomagali go finansowo i wspierali jego prace astronomiczne. Był również stypendystą króla Francji Ludwika XIV. Nazwisko wybitnego gdańszczanina, wielkiego polskiego astronoma Jana Heweliusza, związało się na trwale z Ratuszem Staromiejskim ze względu na pełnione funkcje.
W ratuszu wydzierżawiał również piwnicę na składowanie swego piwa, cenionego przez mieszczan i wysyłanego do Anglii. Codziennie rano można było zobaczyć, jak dostojny członek zagranicznych towarzystw i stypendysta dwóch monarchów idzie do Ratusza, by osobiście dopilnować czeladników rozlewających piwo.
Heweliusz będąc człowiekiem bogatym oparł się niszczącej sile pieniędzy i poświęcił życie wielkiej pasji, która rozsławiła jego imię oraz Gdańsk w całej ówczesnej Europie.
W stulecie śmierci astronoma król Stanisław August ufundował mu pomnik i przekazał go w darze jego rodzinnemu miastu w 1790 roku. Pomnik ustawiony był w Dużej Izbie Ławy w Ratuszu Staromiejskim. Obecnie znajduje się on w Muzeum Narodowym w Gdańsku.
Współcześni mieszkańcy Gdańska uhonorowali sławnego astronoma, Jana Heweliusza, przyznając mu zaszczytny tytuł GDAŃSZCZANINA TYSIĄCLECIA.
opracowała Anna Dreliszak